在现实中，许多发起人股东在设立有限责任公司时，会在启动设立程序之初订立协议，名称为“合作经营协议”、“共同投资协议”等（以下统称“发起人协议”），用于确定各发起人之间有关设立公司的权利义务，其内容由发起人协商确定，一般包括以下内容：发起人的基本情况；拟设立公司的名称、住所、注册资本、经营范围；发起人的投资数额与方式；发起人的权利义务等。当上述发起人协议对各股东股权的记载与公司章程的记载不一致时，股权份额应该以哪个为准？一般情况下，发起人协议对发起人设立公司的行为作出规定，在公司成立后，发起人协议的内容会被公司章程吸收，其功能让位于公司章程，公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。就两者关系而言，若章程对发起人协议的内容作出修改则以公司章程为准，公司章程未涉及的内容，发起人协议有规定的，其规定继续适用，但仅约束发起人。在公司内部关系上，发起人协议与公司章程不一致时，原则上应当以公司章程为依据，但下列特殊情况除外：1、公司章程非股东本人签署。此种情况下，还需查证有下列或全部事实，从而与发起人协议相互印证：（1）缴纳出资的凭证，如出资证明书、付款凭证等反映出各股东的投资份额；（2）股东表决权在行使过程中反映出各股东所代表的股权份额；（3）股东盈余分配上反映出各股东所实际持有的股权份额。2、全体股东一致签署文件对公司章程作出修改。股东在后一致签署的文件有权改变在先制定的公司章程。根据公司法第三十八条的规定，股东会行使修改公司章程的职权；股东以书面形式一致表示同意的事项，也可以不召开股东会会议，直接作出决定，并由全体股东在决定文件上签名盖章。根据这一规定，即便公司章程关于股权份额的记载对于各股东有约束力，但事后全体股东可以以一致决定的方式（如签署确认书、签订协议等）对股权份额重新予以确定。因此，形成于公司章程之后的全体股东一致决定，不论其内容的定性上是对持股比例的内部划分，还是对股权份额的变更，均不影响其对公司内部股权关系的约束。