根据《国家税务总局关于增值税专用发票稽核系统（6.0版）运行有关问题的通知》（国税函[2007]794号）要求，从2007年8月起,在上海注册公司的企业,专用发票稽核系统（6.0版）正式投入运行，原专用发票稽核系统（5.4版）继续并行一个月。各地采集的专用发票数据，两个系统同时进行处理。自2007年9月起 ，所有注册公司企业的5.4版系统将停止使用。现将《增值税专用发票稽核系统（6.0版）操作要求》印发给你们，请按照执行.另外，原《国家税务总局关于修订印发<增值税计算机稽核系统发票比对操作规程（试行）>的通知》（国税发〔2004〕43号）已由总局通知中告知废止。 　　

上海注册公司的增值税专用发票稽核系统（6.0版）操作要求:　　

为进一步做好增值税专用发票稽核工作，提高稽核比对效率，根据《国家税务总局关于增值税专用发票稽核系统（6.0版）运行有关问题的通知》（国税函[2007]794号）要求，制订本工作要求。　

　一、市局:　　

1、征管处稽核岗位人员每月14日,每家代理记账公司也要执行.在上海注册公司的（遇法定节假日比照征管法有关规定顺延，下同）通过人工操作统计并上报《增值税专用发票抵扣联（本级）比对情况统计表》和《增值税专用发票存根联（本级）比对情况统计表》；每月16日通过人工操作统计《增值税专用发票抵扣联（汇总）比对情况统计表》和《增值税专用发票存根联（汇总）比对情况统计表》。　

　2、信息技术部门系统管理岗位人员负责监控稽核系统运行进程以及省局与总局之间数据传输情况,确保系统的正常运行。　　

二、分局:　

1、上海注册公司的稽管科稽核岗位人员每日检查抵扣联数据、失控发票数据以及增值税一般纳税人档案数据采集情况，发现漏采等问题应采取措施及时解决。　

　2、每月12日前，运用防伪税控报税子系统采集发票存根联数据，对未报税上海注册公司的企业及时催报；利用稽核系统（6.0版）具有的抵扣联滞留票按销售方查询功能，导出滞留票明细数据并及时补采存根联数据。　

　3、每月13日至月底，分局征收部门采集发票存根联时必须将所属月份设为下月（如：8月15日上海注册公司的企业逾期报税，则应将所属期设为8月）。